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ChromasDNA序列分析软件官方版2.6.5

作者: 笨笨Q 更新时间: 2021年03月25日 11:21:37 游览量: 59

简述:

Chromas 是一款非常专业的dnf序列分析软件,通过它可以打开ab1、scf、ztr格式的图谱文件,通过Chromas可以对这些图谱进

  Chromas 是一款非常专业的dnf序列分析软件,通过它可以打开ab1、scf、ztr格式的图谱文件,通过Chromas可以对这些图谱进行有效的分析,软件支持自动删除低质量序列和矢量序列,同时软件还支持将图谱进行格式转换,从而方便使用其它软件打开。

Chromas

软件功能

  1、从Applied Biosystems DNA测序仪打开.ab1色谱图文件。

  2、打开由其他序列发生器创建或从数据库检索的SCF和ZTR格式色谱图文件。

  3、保存为.scf或Applied Biosystems .ab1格式。

  4、打印色谱图,其中包含缩放或适合一页的选项。

  5、自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列。

  6、以纯文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或??GCG格式导出序列,或使用基本编号格式化以进行演示。

  7、将序列以纯文本,FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板,以粘贴到其他应用程序中。

  8、反转和补充序列和色谱图。

  9、通过精确匹配或最佳对齐搜索子序列。

  10、显示3帧中的翻译以及序列。

  11、复制色谱图部分的图像以粘贴到文档或演示文稿中。

  12、批处理,包括格式转换,带矢量删除的序列导出,批量打印和原始数据的批量导出。

  13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP组件增强.ab1文件,以提高峰值可读性并提取更多高质量的基础。

使用方法

  1、选择File菜单打开一个序列文件,或者直接通过Open打开。

  2、一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右,由于荧光染料的干扰和机器性能,测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确,如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

  3、我们通过工具栏的缩放工具,可以放大或者缩小整个视图:

  通过上图可以看出,不同碱基对应不同的颜色。

  4、通过工具栏的“Find‘工具,可以查找某个序列:

  5、通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库,将序列进行Blast,省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦:

  点击OK之后出现如下界面,然后点击“View report”即可。

  6、Chromas还自带序列翻译蛋白质功能,点击“Options-》Show Translations-》All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条,是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点,所以如果你的序列是cDNA序列,那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的,这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列,这个功能是多余的。

  7、我们可以将序列导出,并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号,下面的设置中代表每60个碱基一行。

  8、当然可能会有同学想说,如果我想把测序峰图放在文章中,我该怎么弄?Chromas没有存储为图片的选项,这时可能有同学就想用截图了,这里Chromas可以存储为PDF格式,在“File”里面选择Print 预览,然后选择PDF即可。

  导出来之后就得到PDF格式的峰图了,这是矢量图,可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

文章链接:http://www.benbenq.com/rjjc/31095.html

文章标题:ChromasDNA序列分析软件官方版2.6.5